1729 में महान शासक मार्तंड वर्मा त्रावणकोर के राजा बने। 1730 में, उन्होंने इस मंदिर का पुनर्निर्माण किया था, जो अब श्री पद्मनाभस्वामी मंदिर के रूप में हमें दिखता है।
इस दौरान गोपुरम, जिसकी नींव 1566 में रखी गई थी, का भी निर्माण किया गया था। इसी समय मुख्य मंदिर के सामने ध्वजारोहण भी किया गया था।